Le microbiote vaginal, influencé de façon négative ou positive par de nombreux facteurs, varie fortement d’une femme à l’autre. Bien moins diversifié que son cousin intestinal, il est classé en cinq catégories, appelées « community state types » (CST). Quatre d’entre elles sont dominées par des bactéries Lactobacillus, dont L. crispatus, considéré comme l’état « optimal ».
Le cinquième type, CST IV, se distingue par une prédominance de bactéries anaérobies, comme Gardnerella ou Prevotella. Jugé « non optimal », cet équilibre perturbé est lié à la vaginose bactérienne, une pathologie qui se manifeste par des symptômes tels que des sécrétions vaginales inhabituelles et à l’odeur de poisson, des saignements ou des sensations de brûlure. Elle accroît le risque d’infections sexuellement transmissibles (IST), de prématurité ou d’infertilité. Des études ont également montré une variabilité selon les ethnies.
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